В Астрахани во время войны не было активных боевых действий, но астраханцы вместе со всей страной делали все, чтобы приблизить победу.
В дни Сталинградской битвы, когда решалась судьба страны, резко возросло военно-стратегическое значение Астрахани, откуда шел поток военных грузов, нефти и продовольствия, а в город направлялись эшелоны с эвакуированными и ранеными бойцами, которые размещались в зданиях, освобождённых под госпитали. В их число вошло и здание картинной галереи. Сотрудники художественного музея приложили невероятные усилия, чтобы сохранить уникальное собрание, совершив настоящий гражданский подвиг.
После Павла Михайловича Догадина (1976-1919), основателя Астраханской картинной галереи, директором становится Николай Петрович Протасов (1865-1941), который занимал эту должность с 1920 по 1939 гг. Под его руководством в 1921 г. коллекция была перемещена в просторные залы особняка И. Н. Плотникова, пополнилась новыми экспонатами, также увеличились экспозиционные площади. В 1939 г. Н.П. Протасова на посту директора галереи сменяет Пётр Иванович Волков – астраханский художник и научный сотрудник музея. К 1941 г. в здании планировался капитальный ремонт, расширение экспозиции, издание развёрнутого каталога собрания, но все планы меняет война. С 30 июня 1941 г. в связи с уходом в ряды Красной Армии П.И. Волкова (1914-1945) обязанности директора в течение двух месяцев временно назначили исполнять Н.П. Протасова. После его смерти с августа 1941 г. руководителем стала Калерия Лихницкая (?- 1942).
Астрахань готовится к переходу на военное положение: эвакуируются заводы, различные организации и учебные заведения. Решением исполкома Астраханского Горсовета депутатов трудящихся от 7 августа 1941 г. «О размещении предприятий в городе» директору картинной галереи было приказано «освободить занимаемое галереей помещение под учреждение без предоставления взамен». На К. Лихницкую возлагалась вся ответственность за консервацию произведений собрания музея: из-за тяжёлого положения на фронте и ожесточённых боёв под Сталинградом готовящаяся ранее эвакуация собрания стала невозможной. При непосредственном участии Алексея Моисеевича Токарева (до 1941 г. директора художественного училища им. П. А. Власова) коллекция музея была свернута: большая часть произведений упакована, сложена в сундуки и ящики на цокольном этаже галереи; часть картин и скульптура по актам передана городским госпиталям и организациям города. На период с 1941 по 1943 гг. А.М. Токарев (1896-1958) станет негласным хранителем собрания Астраханской картинной галереи. Уже 18 сентября 1941 года в здании галереи был развернут эвакогоспиталь № 3267 (3801) НКО на 200 коек.
После освобождения Сталинграда и пленения огромной армии Ф. Паулюса (ноябрь 1942 – февраль 1943 гг.) в Астрахань эшелонами направляются военнопленные. Часть из них вместе с советскими бойцами размещается в здании картинной галереи – госпитале, затем реорганизованном в госпиталь НКВД (№ 05762), который просуществует здесь до сентября 1943 г. Бывший особняк И. Н. Плотникова заполняется ранеными, койки для которых устраиваются на втором и третьем этажах и на лестничных площадках здания. В такой обстановке сохранение художественных ценностей было крайне сложной задачей. Переживая за судьбу уникальных экспонатов, А.М.Токарев с ноября 1942 г. как председатель комиссии по эвакуации, а в начале 1943 г. как директор, добивается возвращения живописных полотен и скульптуры, выданных по актам госпиталям и другим учреждениям. А.М. Токареву пришлось одновременно работать во всех направлениях: административном, хозяйственном и научном. Трудно переоценить ту помощь, которую оказал ему комиссованный по ранению, друг и соратник Николай Николаевич Скоков (1916-1987), ставший в 1980-е годы директором галереи. А в то тяжёлое время, в тёплой одежде, при свете керосиновых ламп А.М. Токарев и Н.Н. Скоков часами, в буквальном смысле не разгибаясь, работали в помещениях цокольного этажа. Они заново описывали собрание галереи, а затем восстанавливали экспозиции залов. Было невероятно трудно, но 1 января 1944 г. галерея вновь приняла первых посетителей.
